《孤岛惊魂3》的结局共有两个主要分支，取决于玩家在最终任务中的选择：如果选择救出女友丽莎，主角杰森会牺牲自己，让瓦阿斯和霍伊特逃脱；如果选择救出好友基思，杰森将杀死瓦阿斯并成为岛屿的新统治者，但代价是陷入疯狂与黑暗。 游戏通过不同结局探讨了暴力与救赎的主题，玩家需要根据自身道德判断做出决定。
在第一个结局中，杰森成功救出丽莎，但被瓦阿斯和霍伊特伏击，最终杰森引爆手榴弹与敌人同归于尽，丽莎独自逃生。这个结局强调了英雄主义的牺牲精神。
在第二个结局中，杰森选择救出基思，并亲手杀死瓦阿斯，随后他接管了岛屿的武装力量，变得冷酷无情，最终与女友丽莎分手，彻底沦为暴君。这个结局暗示了权力与复仇对人性的腐蚀。
此外，游戏还隐藏了一个“真实结局”，需要玩家在主线中完成所有“记忆”任务，并在最终决战前与神秘人交谈，才能解锁杰森逃离岛屿、回归正常生活的结局。但该结局极其隐蔽，多数玩家首次通关时无法触发。
【常见问题】
问题1：孤岛惊魂3结局中如何获得完美结局？
回答1：孤岛惊魂3结局的完美结局需要玩家在主线流程中收集所有“记忆”碎片，并在最终决战前与神秘人“牧师”对话，随后在结局中选择放弃复仇，即可触发杰森逃离岛屿的隐藏结局。该结局被视为最符合道德标准的“好结局”。
问题2：孤岛惊魂3结局中主角杰森的命运是否固定？
回答2：孤岛惊魂3结局并非固定，玩家在最终任务“你所做的一切”中需要选择救丽莎或救基思，不同选择触发不同结局。救丽莎导致杰森牺牲，救基思则让杰森变成暴君。两种结局都带有悲剧色彩，没有绝对的好结局。
问题3：孤岛惊魂3结局的隐藏条件是什么？
回答3：孤岛惊魂3结局的隐藏条件是在游戏过程中完成所有16个“记忆”系列任务（即收集所有“神像”），并在最终任务前与岛屿上的神秘老人“牧师”对话。之后在结局分支中，无论选择救谁，都会出现额外选项，让杰森放弃战斗并离开岛屿，达成隐藏结局。